با توجه به اهمیت سرمایه گذاری در توسعه نظام سلامت و تاثیر آن بر افزایش بهره وری نیروی کار و تولید، تخصیص بهینه منابع در این حوزه و به تبع آن، ارزیابی عملکرد بیمارستان ها که یکی از اصلی-ترین واحدهای عملیاتی این بخش هستند، بسیار حایز اهمیت است. هدف این تحقیق ارزیابی کارایی و رتبه بندی و تعیین الگوی مناسب برای بیمارستان های دولتی وابسته به دانشگاه علوم پزشکی شیراز با استفاده از تحلیل پوششی داده ها می باشد. در این پژوهش کارایی 12 بیمارستان دولتی شیراز با استفاده از تحلیل پوششی داده ها در سال 1395 مورد بررسی و تحلیل قرار گرفت. برای این منظور از مدل پوششی BCC ورودی محور اصلاح شده استفاده شد و از چهار شاخص تعداد کل تخت های فعال، تعداد کل پزشکان متخصص، تعداد کل پزشکان عمومی، تعداد کل پرستاران و پیراپزشکان به عنوان ورودی و از چهار شاخص تعداد کل ویزیت و پذیرش سرپایی، تعداد کل تخت-روز اشغالی، تعداد کل اعمال جراحی و تعداد کل آزمایشات و رادیوگرافی ها و سونوگرافی ها به عنوان خروجی برای بررسی استفاده گردید. همچنین بعد از تعیین کارایی بیمارستان ها به رتبه بندی آن ها و معرفی مجوعه مرجع برای بیمارستان های ناکارا پرداخته شده است. جهت تحلیل داده ها از نرم افزار GAMS استفاده شد. یافته های این پژوهش نشان می دهد که دو بیمارستان ناکارا بوده اند و باید ورودی های مازاد خود را کاهش دهند تا با سطح ثابت خروجی ها، کارا شوند.